在細胞結(jié)構(gòu)研究中，電子顯微鏡觀察與光學(xué)顯微鏡觀察有諸多差異。電子顯微鏡觀察的分辨率遠遠高于光學(xué)顯微鏡，能夠揭示細胞內(nèi)部更為精細的亞細胞器結(jié)構(gòu)，如內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體的內(nèi)部嵴結(jié)構(gòu)等，而光學(xué)顯微鏡只能看到細胞的大致輪廓和一些較大的細胞器如細胞核、液泡等。電子顯微鏡觀察的樣品制備相對復(fù)雜且要求高，需要對細胞進行特殊處理如固定、脫水、包埋等，而光學(xué)顯微鏡觀察的樣品制備相對簡單，通常只需對細胞進行染色等常規(guī)處理。電子顯微鏡觀察多在真空環(huán)境下進行，且電子束對樣品有一定損傷，而光學(xué)顯微鏡可在大氣環(huán)境下直接觀察活細胞，對細胞的損傷較小。此外，電子顯微鏡觀察得到的圖像多為黑白灰度圖像，需要借助特殊技術(shù)進行彩色化處理以增強視覺效果，而光學(xué)顯微鏡觀察可直接獲得彩色圖像。